火影忍者：忍者新世代中的宇智波一族是因陀罗的长子后裔，其中的天才忍者宇智波佐助是其中之一。佐助和鸣人、小樱一起毕业后，被分配到卡卡西所带领的第七班。

佐助总是给人一种高不可攀的感觉，仿佛是一座冰山，让人难以接近。然而，在他冷漠的外表下，有着对家族复兴的坚定信念和对那个男人的深深仇恨。

佐助一开始对队友都显得漠不关心，但在卡卡西的铃铛测试中，佐助展现出了宇智波一族的忍术——火遁·豪火球之术。

在中忍考试期间，佐助为了变得更强，接受了卡卡西的特训。他通过写轮眼复制了小李的动作，提升了自己的体术能力，还学会了原创忍术——千鸟。

在正式比赛中，佐助的高速移动让我爱罗陷入苦战。他趁此机会首次使用千鸟，成功地破解了我爱罗的绝对防御，并打伤了我爱罗。

学会了千鸟的佐助并未满足于此。为了追求更强的力量，他决定离开木叶，跟随大蛇丸修行。在佐助离开前，小樱发现了他的计划，她极力劝说佐助留下，并对他表白。然而，此时的佐助内心充满了仇恨，身为复仇者的他没有办法留在小樱身边。

在路途中，佐助遇到了前来阻止他的鸣人。两人在终末之谷展开了激战。

最后战斗以佐助的胜利而告终，但他并未杀死鸣人。佐助决定用自己的方式获得力量，不想像鼬所希望的那样，为了开启万花筒写轮眼而杀害同伴。

在两年的时间里，佐助的实力得到了极大的提升。他使用草薙剑作为武器，并对雷遁忍术进行了各种新开发。他的刀法练得炉火纯青，同时还能将雷属性的查克拉注入到武器中，以提升自身的攻击能力。他的瞳力也变得深不可测，仿佛能洞察一切。

过了一段时间后，鼬在完成一系列的布置和安排后，佐助在鼬的指示下，两人约定在宇智波一族的故地进行决战。兄弟二人的战斗异常激烈，最后佐助使用了自创的S级忍术“麒麟”，想直接击杀鼬。

然而在千钧一发之际，鼬展现了前所未有的力量，开启了“须佐能乎”，以绝对的实力击溃了佐助。

但此时的鼬身患重病，加上用尽了全部的力气，最后倒在了佐助的面前。这场兄弟对决的结果以佐助的胜利宣告结束，佐助的复仇也终于完成了。

佐助通过神秘面具男得知了宇智波一族与木叶曾经的恩怨以及鼬的真实身份与灭族真相。得知真相后，佐助开始慢慢回忆起鼬的过往。愤怒与悲伤使得他开启了万花筒写轮眼。此时佐助又有了新的目标——向木叶复仇。