跖疣可以通过激光、冷冻、微波、手术等物理治疗进行去除，也可以通过药物如咪喹莫特、重组人干扰素、联合维A酸等进行治疗，根据跖疣的数量、深浅、发生部位不同而决定不同的治疗方式，如果跖疣比较分散，个数比较少，需要短期内就去除的，可以采用冷冻、激光等物理治疗，但是冷冻和激光具有创伤性，可能会引起跖疣的传染，而导致疣体增多或者治疗不彻底而出现复发。

如果皮肤比较敏感，怕疼痛的患者而且数量单一的，可以外用咪喹莫特等药物，将周围皮肤保护以后进行包封治疗，将蛋白变性坏死，使新生组织再生而治愈跖疣，外用药物治疗见效慢，需要多次治疗，要有一定的耐心。